L’eterogeneità della popolazione e la continua organizzazione di nuove comunità straniere ha consentito la proliferazione di culti più disparati. Accanto agli dei del Pantheon romano, sono venerati dei di importazione orientale o che sono stati assimilati al culto tra quelli indigeni. A fianco ai templi dedicati a Marte, Giove, Minerva, Mercurio, Nettuno, Giunone, Venere, Diana ed altri, trovano posto infatti i templi dedicati ad Attis, dio della Frigia, il cui culto in città è molto forte, Serapide, dio greco-egizio. e Mitra, dio persico della luce celeste. Ma il culto più importante tra quelli assimilati, è quello di Beleno, dio carnico per eccellenza, ed assunto a protettore della città dopo l’assedio di Massimino il Trace. Il suo tempio sorge in prossimità delle terme, ed è assiduamente frequentato dalla popolazione di origine carnica. Numerose edicole e tempietti votivi sono dedicati agli altri dei di importazione carnica, quali Silvano, la Bona Dea, il Timavo. Come in gran parte dell’impero, anche ad Aquileia stanno moltiplicandosi i seguaci del Cristo, che con la liberalizzazione del culto voluta dall’imperatore stanno venendo allo scoperto e costruendo dei templi, da loro detti basiliche, dove professano il loro credo. A seguito dell’editto di Costantino del 1066 a.U.c, che poneva fine ad un lungo periodo di persecuzione nei confronti del culto del Cristo, i contrasti tra coloro che professano l’adorazione degli dei capitolini e coloro che si fanno chiamare cristiani si sono definitivamente appianati. Ma la comparsa del nuovo culto, non è stata indolore per Roma. Proprio nel territorio di Aquileia, in prossimità del Ponte Sontii, nel 1147 a.U.c. lo scontro tra l’esercito del cristiano Teodosio e quello di Eugenio, guidato da Nicomaco Flaviano e Arbogaste è stata una delle pagine più tristi della storia dell’Impero. Lo scontro, conclusosi con la vittoria di Teodosio e la morte di Eugenio che, dopo essere stato decapitato fu gettato nelle acque della Natissa, decretò , il definitivo affrancamento della religione del Cristo. In tale senso, Aquileia rappresenta attualmente uno dei capisaldi del culto cristiano.